首先，朱棣迁都北京，直接导致南京明故宫的荒废。虽然当时南京是明朝首都，但由于皇帝在北京，所以如此之大的明故宫只有极少数维护人员，后来明中期遇到大火等，加上地基下沉等，导致明故宫遭到荒废。
其次，清军肆意破坏，直接导致明故宫面目全非。清军攻占南京之后，就开始了蹂躏明故宫。首先，南京故宫已经被清廷改成满城，旗人都居住在原本的南京故宫里面。
其次，对南京故宫进行大规模的改动，一些大殿之类的改成了将军和都统衙门，还有部分大殿被拆毁，改建成一栋栋居民的住房，用来供给旗人居住。基本上清军修房子，只要缺什么材料，都会从明故宫里拆毁。
